微波殺菌是利用了電磁場的熱效應和生物效應的共同作用的結果。微波對細菌的熱效應是使蛋白質(zhì)變化，使細菌失去營養(yǎng)，繁殖和生存的條件而死亡。微波對細菌的生物效應是微波電場改變細胞膜斷面的電位分布，影響細胞膜周圍電子和離子濃度，從而改變細胞膜的通透性能，細菌因此營養(yǎng)不良，不能正常新陳代謝，細胞結構功能紊亂，生長發(fā)育受到抑制而死亡。此外，微波能使細菌正常生長和穩(wěn)定遺傳繁殖的核酸[RNA]和脫氧核糖核酸[DNA]，是由若干氫鍵松弛，斷裂和重組，從而誘發(fā)遺傳基因突變，或染色體畸變甚至斷裂。

      食品在微波場中，微生物的各種高分子極性基，產(chǎn)生激烈的回轉(zhuǎn)與振動，使蛋白質(zhì)以及核酸等產(chǎn)生變異，從而殺死細菌。一般情況下，霉菌、酵母和一般細菌加熱至70~80℃就能殺死，若用微波1min就能達到殺菌的目的。對于霉菌的孢子，如青霉菌的孢子要在68~71℃經(jīng)過20min的常規(guī)滅菌才能殺死，而用微波在68~71℃經(jīng)過2min便于得到滿意的結果。如用微波對“月餅”進行殺菌、防霉和保鮮，取得了良好效果，再也不用進口的“保鮮劑”。與巴氏加熱殺菌法比較，微波殺菌有以下顯著特點：

      1、微波殺菌是一種物理殺菌方法，它不需要添加化學防腐劑就能夠殺滅細菌、霉菌和蟲卵，以及病毒等有害人體的微生物，它在殺滅有害微生物過程中，不會對食品殘留毒性或放射性物質(zhì)的污染，安全無害。也不會改變食品的色香味和營養(yǎng)成分。

      2、在同樣殺菌溫度下，所需殺菌時間短，不需要預熱。如大腸桿菌殺滅時間約30S。在相同殺菌條件下，菌致死的溫度比較低，且殺菌效果極為顯著。

      3、能同時對被殺菌物料表里實施整體殺菌，極大地縮短殺菌周期，并保證殺菌一致性。

      4、由于物料各部位殺菌的同時性，殺菌時間短，能避免因長時間的加熱影響食品品質(zhì)，特別是對不宜在較高溫度或較長加熱時間情況下進行殺菌的食品。例如：易揮發(fā)香 辛成分的姜粉、含水分較多的鮮嫩海蟄等。對于既要保持色澤、香味和口感不變等質(zhì)量要求又需殺菌的物料，使用微波殺菌可取得*效果。 微波殺菌可分為包裝后殺菌和包裝前殺菌。包裝容器不能用金屬質(zhì)地的，需用介質(zhì)材料，一般用塑料軟包裝或玻璃，工程塑料質(zhì)地容器為宜。為防止在微波殺菌過程中漲袋，設備可在工作倉內(nèi)施加壓力采用反壓殺菌工藝，可防止?jié)q袋損失。